Von nun an werden die Berichte über den Ausbau der Fossa Eugeniana weniger und weniger. Nach der Frostperiode wird die Arbeit zwar wieder aufgenommen, aber es tauchen schon schnell neue Probleme auf. Spanien geht es finanziell immer schlechter. Während des Winters 1625 und in dem von 1628 verhindern die Niederländer, dass die spanischen Silberflotten (Import von Silber aus den überseeischen Gebieten Spaniens) ausfahren können. Der härteste Schlag jedoch kommt von Piet Heijn im September 1628, als er die spanische Silberflotte in der Bucht von Matanzas (bei Kuba) erobert. Auf einen Schlag verlieren die Spanier 11,5 Millionen Gulden (der Arbeitslohn eines Zimmermanns betrug in dieser Zeit etwa 200 bis 300 Gulden pro Jahr). Während des Baus tauchen ernsthafte technische Probleme auf. Außerdem überfallen staatische Truppen die Schanzen, die den Bau beschützen sollen. Im Juni 1627 besucht die Infantin (Kronprinzessin) Isabella Clara Eugenia (Tante des inzwischen regierenden spanischen Königs Philipp IV.) den Kanal. Um diesen königlichen Besuch zu schützen, verlässt die spanische Kavallerie ihr Lager bei Issum. Diese Gelegenheit nutzen staatische Truppen, von Spionen informiert, gierig aus. Thomas Stakenbroeck, GeneralLeutnant der Kavallerie, überfällt und erobert die Doppelschanze. Schleusen, Unterkünfte, Mühlen, Zimmerarbeiten, Boote und Vorräte: Alles, was aus Holz ist, geht in Flammen auf.
Darüber hinaus zerstören seine Truppen so viele Erdwälle wie möglich und nehmen ungefähr 100 Gefangene mit in Richtung Nimwegen. Dennoch wird trotz aller Rückschläge im Jahr 1628 noch immer weitergearbeitet. Immer noch wird Material abgeliefert. So werden u.a. 55 Karren mit drei Rädern über die Maas von Roermond nach Arcen gebracht. Im Jahr 1629 fallen immer mehr spanische Städte in die Hände der Republik. Die starke Festungsstadt ’s Hertogenbosch und auch Wesel werden staatisch. Die Bauarbeiten am Kanal werden stillgelegt, aber dieser wird dennoch ständig von spanischen Truppen bewacht. Er bildet eine Linie, die staatische Truppen daran hindern, in den südlichen Gebieten zu plündern. Alles, was nur ein wenig Wert hat, wird der Bevölkerung geraubt.
1632 erobert Friedrich Heinrich während eines Maasfeldzugs Straelen, Venlo, Roermond und Maastricht. Als 1633 auch noch Rheinberg fällt, sind beide Endpunkte der Fossa in holländischen Händen. Der Kanal hat nun keine Aussichten mehr auf Vollendung. So endet der Bau der Fossa Eugeniana.
