Financieel gaat het Spanje steeds slechter. Tijdens de winter van 1625 en die van 1628 voorkomen de Nederlanders dat de Spaanse zilvervloten (aanvoer van zilver vanuit de overzeese gebieden van Spanje) kunnen uitvaren. De zwaarste klap echter deelt Piet Heijn in september 1628 uit als hij de Spaanse zilvervloot verovert in de baai van Matanzas (bij Cuba). In één klap verliezen de Spanjaarden 11,5 miljoen gulden (het werkloon van een timmerman was in die tijd ongeveer 200 tot 300 gulden per jaar).
Er duiken serieuze technische problemen op tijdens de bouw. Bovendien overvallen Staatse troepen de schansen die de bouw moeten beschermen. In juni 1627 bezoekt de Infante (kroonprinses) Isabella Clara Eugenia (tante van de dan inmiddels regerende Spaanse koning Filips IV) het kanaal. Om dat koninklijk bezoek te beschermen verlaat de Spaanse cavalerie haar kampement bij Issum. Van deze gelegenheid maken Staatse troepen, ingegeven door spionnen, gretig gebruik. Thomas Stakenbroeck, generaal-luitenant van de cavalerie overvalt en verovert het dubbelfort. Sluizen, onderkomens, molens, timmerwerk, boten en voorraden, alles wat van hout is gaat in vlammen op.
Bovendien vernielen zijn troepen zoveel mogelijk aarden wallen en nemen ongeveer 100 gevangenen mee richting Nijmegen. Toch wordt er, ondanks alle tegenslagen, in het jaar 1628 nog steeds doorgewerkt. Er wordt nog altijd materiaal afgeleverd. Zo worden er onder andere 55 karren met drie wielen over de Maas van Roermond naar Arcen gebracht.
In het jaar 1629 vallen steeds meer Spaanse steden in handen van de Republiek. De sterke vestingstad ’s Hertogenbosch en ook Wesel worden Staats. De bouw van het kanaal wordt stil gelegd maar het kanaal wordt wél nog steeds bewaakt door de Spaanse troepen en vormt een linie die verhindert dat Staatse troepen in zuidelijke gebieden plunderen. De bevolking wordt beroofd van alles wat maar een beetje waarde heeft.
In 1632 verovert Frederik Hendrik tijdens de Maasveldtocht Straelen, Venlo, Roermond en Maastricht. Als in 1633 bovendien Rheinberg valt zijn beide eindpunten van de Fossa in Hollandse handen en heeft het kanaal geen vooruitzicht op voltooiing meer. Zo eindigt de aanleg van de Fossa Eugeniana
