De geplande aanleg van de Fossa Eugeniana speelt zich af tijdens de Tachtigjarige Oorlog (1568-1648) en Dertigjarige oorlog (1618-1648). Na het terugtreden van de Duitse keizer Karel V (uit het huis Habsburg) in 1556 wordt zijn rijk verdeeld. Een deel gaat naar zijn zoon Filips II die koning van Spanje is, én heer van de Nederlanden wordt. De plannen die hij heeft met de Nederlanden zorgen er uiteindelijk voor dat in 1568 de Tachtigjarige Oorlog begint: de oorlog tussen de katholieke Spanjaarden en de Nederlanders die veelal boven de grote rivieren wonen en die voor het merendeel protestants zijn. Het lukt de Spaanse troepen niet om de Staatsen definitief op de knieën te dwingen. Integendeel, in Prins Maurits van Oranje hebben de troepen van de Republiek een uitstekende militaire leider. Bovendien hebben ze een voortreffelijk getraind leger.

Filips II Koning van Spanje

In 1598 treedt de dochter van Filips II, Isabella Clara Eugenia in het huwelijk met Aartshertog Albert van Oostenrijk. Ze krijgt van haar vader de Nederlanden als bruidsschat. De oorlog gaat echter gewoon verder.

Van 1609 tot 1621 komen beide partijen een wapenstilstand overeen (het Twaalfjarig Bestand). Omdat de echtgenoot van Isabella in 1621 sterft en ze geen kinderen hebben vallen de Nederlandse gewesten opnieuw toe aan de Spaanse koning. Isabella wordt stadhouder. Dat wil zeggen: plaatsvervanger van de koning in de Nederlanden. Intussen wordt de Spaanse oorlogskas steeds leger en wordt besloten op een andere manier de oorlog alsnog in Spaans voordeel te beslissen. Men gaat over op economische oorlogsvoering. Vanaf dat moment komt de aanleg van een kanaal in beeld.